KBC Rijeka sjedište je 13 referentnih centara Ministarstva zdravstva Republike Hrvatske

Referentni centar za upalne bolesti gušterače (Klinika za internu medicinu)

Referentni centar za potporno liječenje i kvalitetu života bolesnika s hematološkim bolestima (Klinika za internu medicinu)

Referentni centar za psorijazu (Klinika za dermatovenerologiju)

Referentni centar za maligne bolesti tijela maternice, jajovoda i jajnika (Klinika za ginekologiju i porodništvo)

Referentni centar za pedijatrijsku pulmologiju (Klinika za pedijatriju)

Referentni centar za epilepsije i konvulzivne bolesti razvojne dobi (Klinika za pedijatriju)

Referentni centar za dugotrajno praćenje bubrežne i plućne funkcije u prijevremeno rođene djece (Klinika za pedijatriju)

Referentni centar za posttraumatski stresni poremećaj (Klinika za psihijatriju)

Referentni centar za transplantaciju bubrega (Klinika za urologiju)

Referentni centar za orofacijalnu bol (Klinika za dentalnu medicinu)

Referentni centar za primjenu ultrasonografije u anesteziologiji i intenzivnoj medicini (Klinika za anesteziologiju, intenzivnu medicinu i liječenje boli)

Referentni centar za preproceduralnu pripremu i postproceduralno liječenje i rehabilitaciju farmakorezistentnih bolesti pokreta invazivnim metodama, posebice dubinskom mozgovnom stimulacijom (Klinika za neurologiju)

Referentni centar za minimalno invazivnu kirurgiju kolona, rektuma i anorektalne regije (Klinika za kirurgiju)