U djelatnosti kliničke citologije godišnje se obradi i analizira preko 60.000 citoloških uzoraka, uključujući citokemijske i imunocitokemijske analize, te oko 2.300 molekularnih HPV testova.
U okviru citološke djelatnosti ustrojena su dva odjela: Odjel za ginekološku citologiju i Odjel za opću citologiju. Djeluju na trima lokalitetima, u citološkim laboratorijima koji se nalaze u zgradi Klinike za ginekologiju i porodništvo, zgradi Patologije (lokalitet Rijeka) i zgradi poliklinike na Sušaku, uz Zavod za pulmologiju.
Klinički zavod ima osam specijalista kliničke citologije, od čega je šest sveučilišnih nastavnika i suradnika. U laboratorijima kliničke citologije zaposleno je 11 prvostupnika/inženjera medicinsko-laboratorijske dijagnostike – citotehnologa, jedna magistra medicinsko-laboratorijske dijagnostike, tri prvostupnice medicinsko-laboratorijske dijagnostike, jedna tehničarka medicinsko-laboratorijske dijagnostike – citotehnologinja te dvije administratorice.


Djelatnost kliničke citologije obrađuje citološke uzorke svih sijela. Najzastupljeniji iz područja ginekologije su papa testovi, uzorci endometrija, vulve i peritonealne šupljine. U okviru opće citologije analiziraju se punktati dojke, štitnjače i žlijezda slinovnica, punktati trbušnih i grudnih organa, plućni i bronhijalni uzorci, uzorci pleuralnih izljeva, ascitesa, likvora i uzorci urina. Iz područja hematologije to su koštana srž, periferna krv i limfni čvorovi.
Intraoperacijskim i intraproceduralnim citološkim analizama otisaka limfnih čvorova, bioptata, četkica bronha, punktata gušterače, medijastinuma i uzoraka iz peritonealne šupljine u vrlo kratkom vremenu daje se preliminarna citopatološka dijagnoza i procjena kvalitete uzorka.
Dodatne metode koje se rade na u djelatnosti kliničke citologije su: citokemija, imunocitokemija, HPV testiranje, određivanje biomarkera, tekućinska citologija, izrada staničnih blokova te označavanje staničnog materjala za molekularne analize i bio-banku. Navedene metode su sve značajnije u dijagnostici tumora, a često objedinjavaju ekspertizu specijalista kliničke citologije i specijalista patologije u svrhu postavljanja precizne tkivne dijagnoze. Za istaknuti je sudjelovanje kliničkih citologa u radu brojnih multidisciplinarnih timova KBC Rijeka što zasigurno doprinosi kvaliteti sveukupne dijagnostike i liječenja naših pacijenata.
hematološkoj citologiji najčešće su analize periferne krvi, koštane srži i limfnih čvorova u obradi i postavljanju dijagnoze hematoloških bolesti: anemija, kroničnih i akutnih leukemija, mijelodisplastičnog sindroma, bolesti plazma stanica, Hodgkinovog i non-Hodgkinovih limfoma i dr. Uz standardno obojene uzorke May-Gruenwald-Giemsa metodom, primjenjuju se i sve potrebne citokemijske analize kao što su: score alkalne fosfataze u leukocitima periferne krvi, prikazivanje ekstrahemoglobinskog željeza u punktatu koštane srži, POX, PAS, NSE u diferencijalnoj dijagnostici akutnih leukemija i sl. Imunocitokemijske analize primjenjuju se u diferencijalnoj citodijagnostici limfnih čvorova i koštane srži, osobito kod određivanja ishodišta metastaza u te organe. Uloga kliničkog citologa u brzom postavljanju dijagnoze akutne leukemije je neizostavna te su citološki timovi kontinuirano na raspolaganju kliničarima hematolozima.